Manuel Lapuente no solo dejó huella en la Liga MX, pues el entrenador comandó a la Selección Mexicana en el que hasta ahora, es el mayor logro de la historia: conquistar la Copa Confederaciones.
Fue en el año de 1999 cuando de la mano del legendario entrenador Manuel Lapuente, la Selección Mexicana se consagró campeona de la Copa Confederaciones de ese año, en el que muy probablemente dicho logro jamás habría sido posible que se pudiera ganar.
La Selección Mexicana de aquel año inició su viaje para ser campeones de la Copa Confederaciones 1999 en el grupo A donde también estaban Arabia Saudita, Bolivia y Egipto, sin embargo, no se esperaba nada sensacional de México en ese torneo.
El día que Manuel Lapuente comandó a la Selección Mexicana en la histórica conquista de la Copa Confederaciones
En la fase de grupos de la Copa Confederaciones de 1999, la Selección Mexicana de Manuel Lapuente enfrentó primero a Arabia Saudita, encuentro donde el tricolor no tuvo piedad y terminó derrotando por un marcador de 5-1.
Para el segundo partido de la Selección Mexicana de Manuel Lapuente en esa Copa Confederaciones, el tricolor tuvo un partido complicado ante Egipto, quien logró remontar un 2-0 para terminar el juego empatado por dos anotaciones sobre el final del encuentro.
En el tercer partido que lo definía todo, México jugó contra una fuerte Bolivia que, pese a todo pronóstico, logró vencer con un ajustado marcador de 1-0 para asegurar su pase a la siguiente ronda de la Copa Confederaciones 1999.
Manuel Lapuente se consagró campeón con México de la Copa Confederaciones 1999
Luego de pasar de la fase de grupos, la Selección Mexicana de Manel Lapuente derrotó en el Estadio Azteca a Estados Unidos con un apretado marcador de 1-0 en tiempos extras para sellar su pase a la final de la Copa Confederaciones 1999 contra Brasil.
La Selección Mexicana de Manuel Lapuente llegaba a ese encuentro ante Brasil con un joven Cuauhtémoc Blanco que terminaría siendo el goleador del torneo de la Copa Confederaciones 1999 junto a Ronaldinho.
El tricolor empezó ganando gracias a un gol de Miguel Zepeda al minuto 13, luego José Manuel Abundis al minuto 28 adelantó el 2-0, sin embargo, Brasil respondió con goles de Serginho y Roni para igualar el marcador.
Para la segunda mitad, Miguel Zepeda anotó su doblete al 51 y el Cuau al minuto 62 pondría el 4-2, el cuál no sería el definitivo debido a que Ze Roberto de Brasil pondría el 4-3 final al minuto 63 y terminando por sellar un encuentro exitoso para México, quien ganó el título en aquel lejano 1999.