El astro del Barcelona abrió la cuenta a los 20 minutos, marcó el segundo a los 88 y selló su "hat trick" con un penal en los descuentos para redondear su primera tripleta con la camiseta albiceleste.
Xherdan Shaqiri, considerado como el "Messi suizo", igualó transitoriamente por los anfitriones a los 49 minutos.
Messi y Shaqiri podrían volver a toparse este año, si sus respectivos clubes Barcelona y Basilea siguen avanzando en la Liga de Campeones.
El genio individual de la "Pulga" estableció la diferencia en el amistoso, cargándose encima a una pálida Argentina cuando Suiza le complicó y todo hacía pensar que el duelo terminaría en un empate.
Su segundo gol fue todo un monumento, al avanzar endiabladamente para sacarse de encima a los defensores y definir picándole el balón al arquero Diego Benaglio.
Argentina estuvo muy lejos de mostrar un juego de conjunto y sólo el desequilibrio aportado por Messi le sirvió para doblegar a un rival porfiado.
En el primer gol, Messi se asoció con Sergio Agüero del Manchester City. El "Kun" le cedió de tacó de taco a Messi, quien definipo un toque bajo y de zurdo para batir a Benaglio.
Messi volvió a hacer de las suyas a los 31 minutos, en otra combinación con Agüero, esta vez con un remate que fue desviado al tiro de esquina.
Tal vez la mejor conclusión para Argentina y su técnico Alejandro Sabella fue el despliegue de la dupla Messi-Agüero, determinante en el ataque.
Pero Suiza supo responder al crear un par de situaciones de peligro antes del descanso, incluyendo un remate de volea de Granit Xhaka que se fue por encima del travesaño.
El empate transitorio cayó a poco de la reanudación, cuando Shaqiri aprovechó un centro rasante desde la izquierda y superó al arquero Sergio Romero con un tiro violento.
Los minutos transcurrieron con la impresión que el 1-1 sería el resultado definitivo hasta que Messi hizo su aparición fulgurante en la recta final.
Una nota negativa en Argentina fue que su volante Rodrigo Braña tuvo que salir en el descanso debido a una lesión en la rodilla izquierda.
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Alineaciones:
SUIZA: Diego Benaglio (Marco Woelfli, 46), Stephan Lichtsteiner (Reto Ziegler, 58), Philippe Senderos, Francois Affolter, Ricardo Rodriguez, Blerim Dzemaili (Valentin Stocker, 66), Gokhan Inler, Xherdan Shaqiri, Granit Xhaka, Fabian Frei (Eren Derdiyok, 46; Matias Vitkieviez, 87), Admir Mehmedi (Innocent Emeghara, 81).
ARGENTINA: Sergio Romero, Hugo Campagnaro, Federico Fernández, Ezequiel Garay, Pablo Zabaleta, José Sosa (Gonzalo Higuaín, 81), Javier Mascherano, Rodrigo Braña (Fernando Gago, 46), Maxi Rodríguez (Eduardo Salvio, 71), Lionel Messi, Sergio Agüero.